Em Cidades Submersas, que leva cerca de 30 a 45 minutos por jogador, os jogadores representam os cérebros mais poderosos do mundo, cérebros nomeados devido à superpopulação da Terra para estabelecer as melhores e mais habitáveis áreas subaquáticas possíveis.
O principal princípio do jogo é a colocação de cartas. Três cartas coloridas são colocadas ao longo da borda do tabuleiro principal em 3 x 5 espaços, que também são coloridos. Idealmente, os jogadores podem colocar cartas em espaços da mesma cor. Então eles podem fazer as duas ações e vantagens: a ação descrita no espaço do tabuleiro e também a vantagem da carta. Ações e vantagens podem permitir que os jogadores consumam matérias-primas; construam e modernizem cúpulas, túneis e edifícios de produção, tais como fazendas, dispositivos de dessalinização e laboratórios em sua área subaquática pessoal; mova seu marcador na trilha de iniciativa (o que é importante para a ordem do jogador no próximo turno); ative as "cartas" do jogador; e colete cartas, tanto especiais quanto básicas, que permitem melhores possibilidades de decisão durante o jogo.
Todas as quase 220 cartas - sejam especiais ou básicas - são divididas em quatro tipos, de acordo com o modo e o tempo de uso. As áreas subaquáticas estão planejadas para serem de dupla face, dando aos jogadores muitas oportunidades de conseguir VPs e finalmente vencer.
